Audytorzy energetyczni, którzy mają uprawnienia do przeprowadzania audytów w ramach programu Czyste Powietrze, muszą posiadać odpowiednie certyfikaty i doświadczenie. Ich zadaniem jest dokonanie oceny energetycznej budynku, co obejmuje analizę systemów grzewczych, wentylacyjnych oraz stanu izolacji. Audyt jest niezbędny, aby zapewnić, że modernizacje przeprowadzone w ramach programu będą skutecznie poprawiać efektywność energetyczną budynku. Od 22 kwietnia 2024 dla każdego dofinansowania obowiązkowe jest wykonanie
audytu energetycznego, którego koszt jest refinansowany w ramach programu.